Αρχείο

Posts Tagged ‘Γενετική’

Online περιοδικό ανοιχτής πρόσβασης PeerJ

Αύγουστος 6, 2014 Σχολιάστε

Το PeerJ είναι ένα διαδικτυακό περιοδικό ανοιχτής πρόσβασης που έχει ως θεματικούς τομείς τις βιολογικές και ιατρικές επιστήμες. Εκτός από το τμήμα των δημοσιευμένων άρθρων, υπάρχει το τμήμα των προδημοσιευμένων άρθρων, για πιο γρήγορα πρόσβαση. Η λειτουργία του ξεκίνησε το 2012 και συμπεριλαμβάνεται στις λίστες των μεγαλύτερων βάσεων δεδομένων για βιολογικές και ιατρικές επιστήμες.

Στο παρελθόν έχουμε κάνει πολλές παρουσιάσεις που αφορούν περιοδικά ανοικτής πρόσβασης. Το βασικό τους μειονέκτημα ήταν το ότι, σε αρκετές περιπτώσεις, το κόστος δημοσίευσης ήταν μεγάλο και έπρεπε να το καταβάλλουν οι συγγραφείς. Η διαφορά του PeerJ με όλα αυτά έγκειται σε δύο λόγους:

  1. Το κόστος είναι ένα συγκεκριμένο ποσό το χρόνο ανά συγγραφέα και όχι ανά άρθρο.
  2. Δίνει τη δυνατότητα να αφαιρεθεί το συγκεκριμένο βάρος με έναν ιδιαίτερα εποικοδομητικό τρόπο: με την ενεργή συμμετοχή του ίδιου του συγγραφέα στο σχολιασμό και εμπλουτισμό άλλων άρθρων του περιοδικού. Πιο συγκεκριμένα, αν κάποιος αφήσει ένα σχόλιο, είτε διατυπώσει μια ερώτηση, είτε απάντηση σε μια ερώτηση λάβει ψήφο (κάτι σαν «like» ή «+1» στους χώρους κοινωνικής δικτύωσης) ή γίνει αποδεκτό από τον συγγραφέα του εν λόγο άρθρου, τότε, αυτόματα, μπορεί να δημοσιεύσει το επόμενο άρθρο του δωρεάν (εφόσον γίνει αποδεκτό και εντός ενός έτους). Διαβάστε πιο αναλυτικά το πως λειτουργεί η μέθοδος αυτή εδώ.

To 2013 έλαβε βραβείο καινοτομίας από τον σύνδεσμο εκδοτών ALPSP.

 

Advertisements

On-line περιοδικό «Quanta»

Αύγουστος 24, 2013 Σχολιάστε

Το ίδρυμα «Simons Foundation«, με έδρα τη Νέα Υόρκη και έτος ίδρυσης το 1994, στοχεύει στη χρηματοδότηση και προαγωγή της έρευνας στα μαθηματικά και σε όλες τις βασικές επιστήμες.  Μία από τις δραστηριότητές του είναι και η online περιοδική έκδοση «Quanta«.

Συνεργαζόμενο με τα περιοδικά Scientific American και Wired, το Quanta στοχεύει στην ενημέρωση του ευρέως κοινού επάνω στα τρέχοντα θέματα της πρώτης γραμμής της έρευνας, μέσω της εκλαΐκευσης και παρουσίασής τους από δημοσιογράφους του χώρου. Εκτός από τα αναλυτικά άρθρα, ο ενδιαφερόμενος μπορεί επίσης να βρει μία πληθώρα αντίστοιχων βίντεο.

Βεβαίως, όλο το περιεχόμενο διατίθεται δωρεάν στο κοινό, υποστηρίζοντας ταυτόχρονα και την ανάρτηση σχολίων από τους αναγνώστες.

Chemistry Central – Ανοιχτή πρόσβαση στη Χημεία

Σεπτεμβρίου 23, 2012 Σχολιάστε

Οι εκδόσεις ανοιχτής πρόσβασης Chemistry Central ειδικεύονται στα θέματα Χημείας. Ανήκουν στον εκδοτικό όμιλο Springer και αποτελούν παρακλάδι της BioMed Central.

Υπό την Chemistry Central εκδίδονται 4 επιστημονικά περιοδικά:

  • Chemistry Central Journal (Xημεία)
  • Geochemical Transactions (Γεωχημεία)
  • Journal of Cheminformatics (Υπολογιστική Χημεία)
  • Journal of Systems Chemistry (Κλάδος που συνδυάζει Χημεία, Εξελικτική Βιολογία, Χαοτικά συστήματα και Πληροφορική, για τη μελέτη της προέλευσης και εξέλιξης της ζωής)

Τα άρθρα χρησιμοποιούν την άδεια Creative Commons Attribution License. Οι συγγραφείς διατηρούν τα πνευματικά δικαιώματα των άρθρων τους, που σημαίνει ότι μπορούν να δημοσιεύσουν το ίδιο άρθρο και σε άλλο περιοδικό, αρκεί να έχουν αναφορά στο πρωτότυπο.

Ειδική μνεία αξίζει το τμήμα των συνδέσμων του περιοδικού Journal of Cheminformatics, η οποία περιλαμβάνει πληθώρα δωρεάν προγραμμάτων για υπολογιστική Χημεία.

Μηχανή αναζήτησης επιστημονικών εργασιών : FreeFullPDF

Ιουλίου 10, 2012 Σχολιάστε

Ο σκοπός της μηχανής αναζήτησης FreeFullPDF είναι να βοηθήσει στην εύκολη αναζήτηση κειμένων σε περιοδικά ανοικτής πρόσβασης, διδακτορικές διατριβές και υλικά συνεδρίων.

Καλύπτει θέματα από :

  • επιστήμες των έμβιων όντων
  • επιστήμες υγείας
  • φυσικές επιστήμες και μηχανική
  • κοινωνικές και ανθρωπιστικές επιστήμες

Τα κείμενα, πάνω από 80 εκατομμύρια αυτή τη στιγμή, είναι στην πλειοψηφία τους σε μορφή PDF.

Παγκόσμια βάση δεδομένων τριδιάστατων μοντέλων για τα μακρομόρια

Φεβρουαρίου 23, 2012 Σχολιάστε

To wwPDB (world wide Protein Data Bank) αποτελείται από οργανισμούς που δρουν ως αποθετήρια και ως κέντρα ανάλυσης και διαμοιρασμού δεδομένων : RCSB PDB (ΗΠΑ), PDBe (Ευρώπη) και PDBj (Ιαπωνία). Σκοπός του είναι να αποτελέσει ένα παγκόσμιου βεληνεκούς αρχείο για δεδομένα μακρομοριακών δομών που θα είναι διατίθενται ελεύθερα στην παγκόσμια κοινότητα.

Τα δεδομένα αυτά αφορούν σε τριδιάστατα μοντέλα μορίων όπως οι πρωτεϊνών και τα νουκλεϊκά οξείδια και λαμβάνονται μέσω κρυσταλλογραφίας και φασματοσκοπίας πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού (NMR). Οι πληροφορίες αυτές παρέχονται από βιολόγους και βιοχημικούς από όλο τον κόσμο, πολλές φορές μάλιστα από προτροπή μεγάλων τεχνικών περιοδικών του χώρου.

Η αμερικάνικη βάση συντηρεί και έναν ιστότοπο εκπαιδευτικού χαρακτήρα, το PDB-101. Σκοπός του PDB-101 είναι να παρέχει επεξηγήσεις για τα δεδομένα που περιέχονται στις βάσεις πρωτεϊνών, καθώς και εκπαιδευτικό υλικό που μπορεί να χρησιμοποιηθεί ελεύθερα από κάθε ενδιαφερόμενο.

Μοιραστείτε ελεύθερα επιστημονικά δεδομένα με το Biotorrents

Φεβρουαρίου 13, 2012 Σχολιάστε

Οι συγκεντρωτικοί ιστότοποι με συνδέσμους που οδηγούν σε αρχεία κάθε μορφής (torrent trackers), έχουν δεχθεί σφοδρή επίθεση στο όνομα της παραβίασης των πνευματικών δικαιωμάτων. Στα πλαίσια όμως των ανοικτών δεδομένων, τέτοιο πρόβλημα δεν υπάρχει.

Στο Biotorrents μπορεί ο κάθε ερευνητής να βρει αλλά και να μοιραστεί, σε μορφή αρχείων torrent, ερευνητικά δεδομένα, κώδικα προγραμμάτων επιστημονικού περιεχομένου, καθώς και συμπιεσμένα αρχεία με πληθώρα δημοσιεύσεων σε τεχνικά περιοδικά.

Δημιουργήθηκε από τον Michele Langille και φιλοξενείται από το εργαστήριο του Jonathan Eisen, του Kέντρου Γενετικής του πανεπιστημίου της Καλιφόρνια (UC Davis).

Οι επιστημονικοί τομείς για τους οποίους υπάρχει αυτή τη στιγμή υλικό είναι : βιολογία (που έχει και τη μερίδα του λέοντος με διάφορες υποκατηγορίες), βιοπληροφορική, χημεία και φυσική.

Για να «ανεβάσει» κανείς δεδομένα, το μόνο που χρειάζεται είναι να δημιουργήσει έναν λογαριασμό, κάτι που δεν είναι απαραίτητο για το «κατέβασμα».

Όλο το υλικό που φιλοξενείται στον ιστότοπο είναι αποκλειστικά ανοικτού τύπου και διακινείται ελεύθερα.

Επιστημονικές εκδόσεις «Scientific & Academic Publishing»

Ιανουαρίου 31, 2012 Σχολιάστε

Οι εκδόσεις «Scientific & Academic Publishing» είναι μια καινούρια (τα περισσότερα περιοδικά είναι στο πρώτο ακόμα τεύχος) και αρκετά φιλόδοξη εταιρία στο χώρο. Τα περιοδικά που εκδίδει η εταιρεία καλύπτουν σχεδόν όλο το φάσμα των επιστημών.

Ο τρόπος ανεύρεσης και αξιολόγησης των εργασιών είναι ανεπτυγμένος εξ’ ολοκλήρου απο την εταιρεία. Όλες οι εργασίες δημοσιεύονται υπό την άδεια Creative Commons. Παρ’ όλα αυτά, η πρότυπη μορφή τους είναι σε μορφή Microsoft Word (.doc), .rtf ή .pdf (δεν υποστηρίζεται η, καθιερωμένη στο χώρο, μορφή .tex του στοιχειοθετικού προγράμματος LaTeX).

Η εταιρεία αναλαμβάνει επίσης την έκδοση συγγραμμάτων, την κάλυψη συνεδρίων καθώς και την έκδοση των πρακτικών τους.