Αρχείο

Posts Tagged ‘Βιοχημεία’

Online περιοδικό ανοιχτής πρόσβασης PeerJ

Αύγουστος 6, 2014 Σχολιάστε

Το PeerJ είναι ένα διαδικτυακό περιοδικό ανοιχτής πρόσβασης που έχει ως θεματικούς τομείς τις βιολογικές και ιατρικές επιστήμες. Εκτός από το τμήμα των δημοσιευμένων άρθρων, υπάρχει το τμήμα των προδημοσιευμένων άρθρων, για πιο γρήγορα πρόσβαση. Η λειτουργία του ξεκίνησε το 2012 και συμπεριλαμβάνεται στις λίστες των μεγαλύτερων βάσεων δεδομένων για βιολογικές και ιατρικές επιστήμες.

Στο παρελθόν έχουμε κάνει πολλές παρουσιάσεις που αφορούν περιοδικά ανοικτής πρόσβασης. Το βασικό τους μειονέκτημα ήταν το ότι, σε αρκετές περιπτώσεις, το κόστος δημοσίευσης ήταν μεγάλο και έπρεπε να το καταβάλλουν οι συγγραφείς. Η διαφορά του PeerJ με όλα αυτά έγκειται σε δύο λόγους:

  1. Το κόστος είναι ένα συγκεκριμένο ποσό το χρόνο ανά συγγραφέα και όχι ανά άρθρο.
  2. Δίνει τη δυνατότητα να αφαιρεθεί το συγκεκριμένο βάρος με έναν ιδιαίτερα εποικοδομητικό τρόπο: με την ενεργή συμμετοχή του ίδιου του συγγραφέα στο σχολιασμό και εμπλουτισμό άλλων άρθρων του περιοδικού. Πιο συγκεκριμένα, αν κάποιος αφήσει ένα σχόλιο, είτε διατυπώσει μια ερώτηση, είτε απάντηση σε μια ερώτηση λάβει ψήφο (κάτι σαν «like» ή «+1» στους χώρους κοινωνικής δικτύωσης) ή γίνει αποδεκτό από τον συγγραφέα του εν λόγο άρθρου, τότε, αυτόματα, μπορεί να δημοσιεύσει το επόμενο άρθρο του δωρεάν (εφόσον γίνει αποδεκτό και εντός ενός έτους). Διαβάστε πιο αναλυτικά το πως λειτουργεί η μέθοδος αυτή εδώ.

To 2013 έλαβε βραβείο καινοτομίας από τον σύνδεσμο εκδοτών ALPSP.

 

On-line περιοδικό «Quanta»

Αύγουστος 24, 2013 Σχολιάστε

Το ίδρυμα «Simons Foundation«, με έδρα τη Νέα Υόρκη και έτος ίδρυσης το 1994, στοχεύει στη χρηματοδότηση και προαγωγή της έρευνας στα μαθηματικά και σε όλες τις βασικές επιστήμες.  Μία από τις δραστηριότητές του είναι και η online περιοδική έκδοση «Quanta«.

Συνεργαζόμενο με τα περιοδικά Scientific American και Wired, το Quanta στοχεύει στην ενημέρωση του ευρέως κοινού επάνω στα τρέχοντα θέματα της πρώτης γραμμής της έρευνας, μέσω της εκλαΐκευσης και παρουσίασής τους από δημοσιογράφους του χώρου. Εκτός από τα αναλυτικά άρθρα, ο ενδιαφερόμενος μπορεί επίσης να βρει μία πληθώρα αντίστοιχων βίντεο.

Βεβαίως, όλο το περιεχόμενο διατίθεται δωρεάν στο κοινό, υποστηρίζοντας ταυτόχρονα και την ανάρτηση σχολίων από τους αναγνώστες.

Chemistry Central – Ανοιχτή πρόσβαση στη Χημεία

Σεπτεμβρίου 23, 2012 Σχολιάστε

Οι εκδόσεις ανοιχτής πρόσβασης Chemistry Central ειδικεύονται στα θέματα Χημείας. Ανήκουν στον εκδοτικό όμιλο Springer και αποτελούν παρακλάδι της BioMed Central.

Υπό την Chemistry Central εκδίδονται 4 επιστημονικά περιοδικά:

  • Chemistry Central Journal (Xημεία)
  • Geochemical Transactions (Γεωχημεία)
  • Journal of Cheminformatics (Υπολογιστική Χημεία)
  • Journal of Systems Chemistry (Κλάδος που συνδυάζει Χημεία, Εξελικτική Βιολογία, Χαοτικά συστήματα και Πληροφορική, για τη μελέτη της προέλευσης και εξέλιξης της ζωής)

Τα άρθρα χρησιμοποιούν την άδεια Creative Commons Attribution License. Οι συγγραφείς διατηρούν τα πνευματικά δικαιώματα των άρθρων τους, που σημαίνει ότι μπορούν να δημοσιεύσουν το ίδιο άρθρο και σε άλλο περιοδικό, αρκεί να έχουν αναφορά στο πρωτότυπο.

Ειδική μνεία αξίζει το τμήμα των συνδέσμων του περιοδικού Journal of Cheminformatics, η οποία περιλαμβάνει πληθώρα δωρεάν προγραμμάτων για υπολογιστική Χημεία.

Μηχανή αναζήτησης επιστημονικών εργασιών : FreeFullPDF

Ιουλίου 10, 2012 Σχολιάστε

Ο σκοπός της μηχανής αναζήτησης FreeFullPDF είναι να βοηθήσει στην εύκολη αναζήτηση κειμένων σε περιοδικά ανοικτής πρόσβασης, διδακτορικές διατριβές και υλικά συνεδρίων.

Καλύπτει θέματα από :

  • επιστήμες των έμβιων όντων
  • επιστήμες υγείας
  • φυσικές επιστήμες και μηχανική
  • κοινωνικές και ανθρωπιστικές επιστήμες

Τα κείμενα, πάνω από 80 εκατομμύρια αυτή τη στιγμή, είναι στην πλειοψηφία τους σε μορφή PDF.

Παγκόσμια βάση δεδομένων τριδιάστατων μοντέλων για τα μακρομόρια

Φεβρουαρίου 23, 2012 Σχολιάστε

To wwPDB (world wide Protein Data Bank) αποτελείται από οργανισμούς που δρουν ως αποθετήρια και ως κέντρα ανάλυσης και διαμοιρασμού δεδομένων : RCSB PDB (ΗΠΑ), PDBe (Ευρώπη) και PDBj (Ιαπωνία). Σκοπός του είναι να αποτελέσει ένα παγκόσμιου βεληνεκούς αρχείο για δεδομένα μακρομοριακών δομών που θα είναι διατίθενται ελεύθερα στην παγκόσμια κοινότητα.

Τα δεδομένα αυτά αφορούν σε τριδιάστατα μοντέλα μορίων όπως οι πρωτεϊνών και τα νουκλεϊκά οξείδια και λαμβάνονται μέσω κρυσταλλογραφίας και φασματοσκοπίας πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού (NMR). Οι πληροφορίες αυτές παρέχονται από βιολόγους και βιοχημικούς από όλο τον κόσμο, πολλές φορές μάλιστα από προτροπή μεγάλων τεχνικών περιοδικών του χώρου.

Η αμερικάνικη βάση συντηρεί και έναν ιστότοπο εκπαιδευτικού χαρακτήρα, το PDB-101. Σκοπός του PDB-101 είναι να παρέχει επεξηγήσεις για τα δεδομένα που περιέχονται στις βάσεις πρωτεϊνών, καθώς και εκπαιδευτικό υλικό που μπορεί να χρησιμοποιηθεί ελεύθερα από κάθε ενδιαφερόμενο.

Βαση δεδομένων Χημείας και Βιοχημείας ChEMBLdb

Φεβρουαρίου 20, 2012 Σχολιάστε

Η βάση δεδομένων ChEMBLdb περιέχει πληροφορίες που αφορούν σε βιοενεργά μόρια με φαρμακευτικές ιδιότητες. Η ανάπτυξή της γίνεται από το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (European Bioinformatics Institute) και υπάρχει από το 2009.

Τα δεδομένα της βάσης μπορούν να προσπελαστούν είτε δικτυακά είτε εκτός δικτύου, μια και δίνεται η δυνατότητα για όποιον θέλει να «κατεβάσει» (μέσω πρωτοκόλλου FTP) ολόκληρη τη βάση δεδομένων στον υπολογιστή του.

Κατηγορίες:Έρευνα, Βάση Δεδομένων Ετικέτες: ,

Επιστημονικές εκδόσεις «Scientific & Academic Publishing»

Ιανουαρίου 31, 2012 Σχολιάστε

Οι εκδόσεις «Scientific & Academic Publishing» είναι μια καινούρια (τα περισσότερα περιοδικά είναι στο πρώτο ακόμα τεύχος) και αρκετά φιλόδοξη εταιρία στο χώρο. Τα περιοδικά που εκδίδει η εταιρεία καλύπτουν σχεδόν όλο το φάσμα των επιστημών.

Ο τρόπος ανεύρεσης και αξιολόγησης των εργασιών είναι ανεπτυγμένος εξ’ ολοκλήρου απο την εταιρεία. Όλες οι εργασίες δημοσιεύονται υπό την άδεια Creative Commons. Παρ’ όλα αυτά, η πρότυπη μορφή τους είναι σε μορφή Microsoft Word (.doc), .rtf ή .pdf (δεν υποστηρίζεται η, καθιερωμένη στο χώρο, μορφή .tex του στοιχειοθετικού προγράμματος LaTeX).

Η εταιρεία αναλαμβάνει επίσης την έκδοση συγγραμμάτων, την κάλυψη συνεδρίων καθώς και την έκδοση των πρακτικών τους.