Archive

Posts Tagged ‘Βιολογία’

Online περιοδικό ανοιχτής πρόσβασης PeerJ

Αύγουστος 6, 2014 Σχολιάστε

Το PeerJ είναι ένα διαδικτυακό περιοδικό ανοιχτής πρόσβασης που έχει ως θεματικούς τομείς τις βιολογικές και ιατρικές επιστήμες. Εκτός από το τμήμα των δημοσιευμένων άρθρων, υπάρχει το τμήμα των προδημοσιευμένων άρθρων, για πιο γρήγορα πρόσβαση. Η λειτουργία του ξεκίνησε το 2012 και συμπεριλαμβάνεται στις λίστες των μεγαλύτερων βάσεων δεδομένων για βιολογικές και ιατρικές επιστήμες.

Στο παρελθόν έχουμε κάνει πολλές παρουσιάσεις που αφορούν περιοδικά ανοικτής πρόσβασης. Το βασικό τους μειονέκτημα ήταν το ότι, σε αρκετές περιπτώσεις, το κόστος δημοσίευσης ήταν μεγάλο και έπρεπε να το καταβάλλουν οι συγγραφείς. Η διαφορά του PeerJ με όλα αυτά έγκειται σε δύο λόγους:

  1. Το κόστος είναι ένα συγκεκριμένο ποσό το χρόνο ανά συγγραφέα και όχι ανά άρθρο.
  2. Δίνει τη δυνατότητα να αφαιρεθεί το συγκεκριμένο βάρος με έναν ιδιαίτερα εποικοδομητικό τρόπο: με την ενεργή συμμετοχή του ίδιου του συγγραφέα στο σχολιασμό και εμπλουτισμό άλλων άρθρων του περιοδικού. Πιο συγκεκριμένα, αν κάποιος αφήσει ένα σχόλιο, είτε διατυπώσει μια ερώτηση, είτε απάντηση σε μια ερώτηση λάβει ψήφο (κάτι σαν «like» ή «+1» στους χώρους κοινωνικής δικτύωσης) ή γίνει αποδεκτό από τον συγγραφέα του εν λόγο άρθρου, τότε, αυτόματα, μπορεί να δημοσιεύσει το επόμενο άρθρο του δωρεάν (εφόσον γίνει αποδεκτό και εντός ενός έτους). Διαβάστε πιο αναλυτικά το πως λειτουργεί η μέθοδος αυτή εδώ.

To 2013 έλαβε βραβείο καινοτομίας από τον σύνδεσμο εκδοτών ALPSP.

 

On-line περιοδικό «Quanta»

Αύγουστος 24, 2013 Σχολιάστε

Το ίδρυμα «Simons Foundation«, με έδρα τη Νέα Υόρκη και έτος ίδρυσης το 1994, στοχεύει στη χρηματοδότηση και προαγωγή της έρευνας στα μαθηματικά και σε όλες τις βασικές επιστήμες.  Μία από τις δραστηριότητές του είναι και η online περιοδική έκδοση «Quanta«.

Συνεργαζόμενο με τα περιοδικά Scientific American και Wired, το Quanta στοχεύει στην ενημέρωση του ευρέως κοινού επάνω στα τρέχοντα θέματα της πρώτης γραμμής της έρευνας, μέσω της εκλαΐκευσης και παρουσίασής τους από δημοσιογράφους του χώρου. Εκτός από τα αναλυτικά άρθρα, ο ενδιαφερόμενος μπορεί επίσης να βρει μία πληθώρα αντίστοιχων βίντεο.

Βεβαίως, όλο το περιεχόμενο διατίθεται δωρεάν στο κοινό, υποστηρίζοντας ταυτόχρονα και την ανάρτηση σχολίων από τους αναγνώστες.

Βιβλιοθήκη του Alfred Russel Wallace

Δεκέμβριος 11, 2012 Σχολιάστε

Όταν ακούμε το όνομα «Εξελικτική θεωρία» το μυαλό πηγαίνει αμέσως στον Charles Darwin. Στην πραγματικότητα όμως δεν ήταν μόνος του. Ένας εκ των ιδρυτών ήταν ο Alfred Russel Wallace.

Στο Wallace Online, το οποίο λειτουργεί από 2008, θα βρείτε όλα τα γραπτά του μεγάλου αυτού φυσιοδίφη :

  • Βιβλία
  • Δημοσιεύσεων και άρθρων σε επιστημονικά περιοδικά
  • Χειρόγραφα
  • Λίστες από τα ζωικά είδη που είχε στην κατοχή του, προς μελέτη
  • Σπάνιες γκραβούρες

Να σημειωθεί, ότι στην περίπτωση των χειρόγραφων δεν έχει ολοκληρωθεί ακόμα η ψηφιοποίηση όλων των αρχείων.

Τα ψηφιοποιημένα κείμενα υπάρχουν  σε μορφές pdf, txt και σκαναρισμένων σελίδων.

Ο βασικός επιμελητής του όλου εγχειρήματος, Dr John van Wyhe, είναι και ο βασικός υπεύθυνος για το Darwin Online, που είχαμε παρουσιάσει παλιότερα.

Περιοδικό Open Access Science Online

Δεκέμβριος 11, 2012 Σχολιάστε

Έχοντας ήδη κλείσει 3 χρόνια ζωής, άλλος ένας εκδοτικός οίκος για περιοδικά ανοικτής πρόσβασης και οργάνωσης συνεδρίων, ονόματι Open-Access house of Science and Technology, προσφέρει online υπηρεσίες στην επιστημονική κοινότητα. Στον ιστότοπο Open Access Science Online  μπορεί κανείς να βρει, μέχρι στιγμής, δύο περιοδικά :

  • το Nano-Micro Letters με θέματα νανοτεχνολογίας και
  • το Nano Biomedicine and engineering με θέματα που αφορούν στις βιολογικές, ιατρικές και φαρμακευτικές εφαρμογές της νανοτεχνολογίας

Το κόστος των έκδοσεων καλύπτεται εν μέρει από τους συγγραφείς των άρθρων.

Όλα τα άρθρα των περιοδικών προσφέρονται δωρεάν σε μορφή αρχείου pdf.

Μηχανή αναζήτησης επιστημονικών εργασιών : FreeFullPDF

Ιουλίου 10, 2012 Σχολιάστε

Ο σκοπός της μηχανής αναζήτησης FreeFullPDF είναι να βοηθήσει στην εύκολη αναζήτηση κειμένων σε περιοδικά ανοικτής πρόσβασης, διδακτορικές διατριβές και υλικά συνεδρίων.

Καλύπτει θέματα από :

  • επιστήμες των έμβιων όντων
  • επιστήμες υγείας
  • φυσικές επιστήμες και μηχανική
  • κοινωνικές και ανθρωπιστικές επιστήμες

Τα κείμενα, πάνω από 80 εκατομμύρια αυτή τη στιγμή, είναι στην πλειοψηφία τους σε μορφή PDF.

Παγκόσμια βάση δεδομένων τριδιάστατων μοντέλων για τα μακρομόρια

Φεβρουαρίου 23, 2012 Σχολιάστε

To wwPDB (world wide Protein Data Bank) αποτελείται από οργανισμούς που δρουν ως αποθετήρια και ως κέντρα ανάλυσης και διαμοιρασμού δεδομένων : RCSB PDB (ΗΠΑ), PDBe (Ευρώπη) και PDBj (Ιαπωνία). Σκοπός του είναι να αποτελέσει ένα παγκόσμιου βεληνεκούς αρχείο για δεδομένα μακρομοριακών δομών που θα είναι διατίθενται ελεύθερα στην παγκόσμια κοινότητα.

Τα δεδομένα αυτά αφορούν σε τριδιάστατα μοντέλα μορίων όπως οι πρωτεϊνών και τα νουκλεϊκά οξείδια και λαμβάνονται μέσω κρυσταλλογραφίας και φασματοσκοπίας πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού (NMR). Οι πληροφορίες αυτές παρέχονται από βιολόγους και βιοχημικούς από όλο τον κόσμο, πολλές φορές μάλιστα από προτροπή μεγάλων τεχνικών περιοδικών του χώρου.

Η αμερικάνικη βάση συντηρεί και έναν ιστότοπο εκπαιδευτικού χαρακτήρα, το PDB-101. Σκοπός του PDB-101 είναι να παρέχει επεξηγήσεις για τα δεδομένα που περιέχονται στις βάσεις πρωτεϊνών, καθώς και εκπαιδευτικό υλικό που μπορεί να χρησιμοποιηθεί ελεύθερα από κάθε ενδιαφερόμενο.

Παίζοντας με τις πρωτεΐνες…

Φεβρουαρίου 21, 2012 Σχολιάστε

…μπορείτε να συνεισφέρετε στην έρευνα για την κατανόηση της λειτουργίας τους αλλά και για την αντιμετώπιση πολλών και σοβαρών ασθενειών (όπως aids και καρκίνος).

Οι πρωτεΐνες είναι από τα πιο βασικά στοιχεία ενός οργανισμού. Παίζουν βασικό ρόλο σε λειτουργίες όπως η επεξεργασία τροφών, μέχρι τη συνεργασία μυών και εγκεφάλου ή τη ρύθμιση της ποσότητας ουσιών στο σώμα.

Η κάθε πρωτεΐνη, ούσα μία αλυσίδα μορίων, έχει αναρίθμητους τρόπους να συστρέφεται στο χώρο. Αυτή η ιδιότητα, καθορίζει τη συμπεριφορά μιας πρωτεΐνης : αν για παράδειγμα πρόκειται για πρωτεΐνη που επεξεργάζεται τροφές, αυτό σημαίνει ότι για να αποδομήσει μία συγκεκριμένη ουσία, θα πρέπει το σχήμα της να λειτουργήσει σαν «κλειδί», σε σχέση με τη μορφή της ουσίας-στόχου.

Η μελέτη της αναδίπλωσης των πρωτεϊνών είναι από τα δυσκολότερα προβλήματα στο χώρο της Βιολογίας και καταναλώνει πολλούς πόρους σε χρήμα και τεχνολογία. Η ύπαρξη ενός τρόπου να χρησιμοποιηθεί έμφυτη ικανότητα πολλών ανθρώπων για επίλυση γρίφων, θα αποτελούσε έναν πολύ ενδιαφέρον τρόπο προσέγγισης του όλου προβλήματος. Ο τρόπος αυτός ονομάζεται Fold It.

Το Fold It είναι ένα ενδιαφέρον παιχνίδι λογικής, όπου ο παίκτης προσπαθεί να βρει τον καλύτερο τρόπο αναδίπλωσης της πρωτεΐνης που του δίνεται κάθε φορά. Αυτό μπορεί να το πετύχει είτε παίζοντας μόνος του, είτε αλληλεπιδρώντας με άλλους παίκτες, βελτιώνοντας το συλλογικό αποτέλεσμα. Όσο περισσότερους και καλύτερους τρόπους βρίσκει κάποιος, τόσο πιο πολλούς βαθμούς συλλέγει και ανεβαίνει στην κατάταξη.

Για να πάρει κανείς μέρος, αρκεί να εγκαταστήσει το πρόγραμμα στον υπολογιστή του (υπάρχουν εκδόσεις για linux, windows και mac) και να δημιουργήσει έναν λογαριασμό. Όλα τα παραπάνω γίνονται χωρίς καμία απολύτως χρέωση. Το πρόγραμμα έχει κάποιες σχετικά αυξημένες απαιτήσεις από το μηχάνημα του χρήστη, ιδίως με την κάρτα οθόνης (για πληροφορίες δείτε εδώ).

Ήδη έχουν δημοσιευθεί οι πρώτες επιστημονικές εργασίες που στηρίχθηκαν στην προσπάθεια των χρηστών που παίρνουν μέρος.

Φίλοι των σπαζοκεφαλιών, μόλις ανακαλύψατε το νέο σας «κόλλημα»…