Αρχείο

Archive for Φεβρουαρίου 2012

Παγκόσμια βάση δεδομένων τριδιάστατων μοντέλων για τα μακρομόρια

Φεβρουαρίου 23, 2012 Σχολιάστε

To wwPDB (world wide Protein Data Bank) αποτελείται από οργανισμούς που δρουν ως αποθετήρια και ως κέντρα ανάλυσης και διαμοιρασμού δεδομένων : RCSB PDB (ΗΠΑ), PDBe (Ευρώπη) και PDBj (Ιαπωνία). Σκοπός του είναι να αποτελέσει ένα παγκόσμιου βεληνεκούς αρχείο για δεδομένα μακρομοριακών δομών που θα είναι διατίθενται ελεύθερα στην παγκόσμια κοινότητα.

Τα δεδομένα αυτά αφορούν σε τριδιάστατα μοντέλα μορίων όπως οι πρωτεϊνών και τα νουκλεϊκά οξείδια και λαμβάνονται μέσω κρυσταλλογραφίας και φασματοσκοπίας πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού (NMR). Οι πληροφορίες αυτές παρέχονται από βιολόγους και βιοχημικούς από όλο τον κόσμο, πολλές φορές μάλιστα από προτροπή μεγάλων τεχνικών περιοδικών του χώρου.

Η αμερικάνικη βάση συντηρεί και έναν ιστότοπο εκπαιδευτικού χαρακτήρα, το PDB-101. Σκοπός του PDB-101 είναι να παρέχει επεξηγήσεις για τα δεδομένα που περιέχονται στις βάσεις πρωτεϊνών, καθώς και εκπαιδευτικό υλικό που μπορεί να χρησιμοποιηθεί ελεύθερα από κάθε ενδιαφερόμενο.

Παίζοντας με τις πρωτεΐνες…

Φεβρουαρίου 21, 2012 Σχολιάστε

…μπορείτε να συνεισφέρετε στην έρευνα για την κατανόηση της λειτουργίας τους αλλά και για την αντιμετώπιση πολλών και σοβαρών ασθενειών (όπως aids και καρκίνος).

Οι πρωτεΐνες είναι από τα πιο βασικά στοιχεία ενός οργανισμού. Παίζουν βασικό ρόλο σε λειτουργίες όπως η επεξεργασία τροφών, μέχρι τη συνεργασία μυών και εγκεφάλου ή τη ρύθμιση της ποσότητας ουσιών στο σώμα.

Η κάθε πρωτεΐνη, ούσα μία αλυσίδα μορίων, έχει αναρίθμητους τρόπους να συστρέφεται στο χώρο. Αυτή η ιδιότητα, καθορίζει τη συμπεριφορά μιας πρωτεΐνης : αν για παράδειγμα πρόκειται για πρωτεΐνη που επεξεργάζεται τροφές, αυτό σημαίνει ότι για να αποδομήσει μία συγκεκριμένη ουσία, θα πρέπει το σχήμα της να λειτουργήσει σαν «κλειδί», σε σχέση με τη μορφή της ουσίας-στόχου.

Η μελέτη της αναδίπλωσης των πρωτεϊνών είναι από τα δυσκολότερα προβλήματα στο χώρο της Βιολογίας και καταναλώνει πολλούς πόρους σε χρήμα και τεχνολογία. Η ύπαρξη ενός τρόπου να χρησιμοποιηθεί έμφυτη ικανότητα πολλών ανθρώπων για επίλυση γρίφων, θα αποτελούσε έναν πολύ ενδιαφέρον τρόπο προσέγγισης του όλου προβλήματος. Ο τρόπος αυτός ονομάζεται Fold It.

Το Fold It είναι ένα ενδιαφέρον παιχνίδι λογικής, όπου ο παίκτης προσπαθεί να βρει τον καλύτερο τρόπο αναδίπλωσης της πρωτεΐνης που του δίνεται κάθε φορά. Αυτό μπορεί να το πετύχει είτε παίζοντας μόνος του, είτε αλληλεπιδρώντας με άλλους παίκτες, βελτιώνοντας το συλλογικό αποτέλεσμα. Όσο περισσότερους και καλύτερους τρόπους βρίσκει κάποιος, τόσο πιο πολλούς βαθμούς συλλέγει και ανεβαίνει στην κατάταξη.

Για να πάρει κανείς μέρος, αρκεί να εγκαταστήσει το πρόγραμμα στον υπολογιστή του (υπάρχουν εκδόσεις για linux, windows και mac) και να δημιουργήσει έναν λογαριασμό. Όλα τα παραπάνω γίνονται χωρίς καμία απολύτως χρέωση. Το πρόγραμμα έχει κάποιες σχετικά αυξημένες απαιτήσεις από το μηχάνημα του χρήστη, ιδίως με την κάρτα οθόνης (για πληροφορίες δείτε εδώ).

Ήδη έχουν δημοσιευθεί οι πρώτες επιστημονικές εργασίες που στηρίχθηκαν στην προσπάθεια των χρηστών που παίρνουν μέρος.

Φίλοι των σπαζοκεφαλιών, μόλις ανακαλύψατε το νέο σας «κόλλημα»…

Βαση δεδομένων Χημείας και Βιοχημείας ChEMBLdb

Φεβρουαρίου 20, 2012 Σχολιάστε

Η βάση δεδομένων ChEMBLdb περιέχει πληροφορίες που αφορούν σε βιοενεργά μόρια με φαρμακευτικές ιδιότητες. Η ανάπτυξή της γίνεται από το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (European Bioinformatics Institute) και υπάρχει από το 2009.

Τα δεδομένα της βάσης μπορούν να προσπελαστούν είτε δικτυακά είτε εκτός δικτύου, μια και δίνεται η δυνατότητα για όποιον θέλει να «κατεβάσει» (μέσω πρωτοκόλλου FTP) ολόκληρη τη βάση δεδομένων στον υπολογιστή του.

Κατηγορίες:Έρευνα, Βάση Δεδομένων Ετικέτες: ,

Μοιραστείτε ελεύθερα επιστημονικά δεδομένα με το Biotorrents

Φεβρουαρίου 13, 2012 Σχολιάστε

Οι συγκεντρωτικοί ιστότοποι με συνδέσμους που οδηγούν σε αρχεία κάθε μορφής (torrent trackers), έχουν δεχθεί σφοδρή επίθεση στο όνομα της παραβίασης των πνευματικών δικαιωμάτων. Στα πλαίσια όμως των ανοικτών δεδομένων, τέτοιο πρόβλημα δεν υπάρχει.

Στο Biotorrents μπορεί ο κάθε ερευνητής να βρει αλλά και να μοιραστεί, σε μορφή αρχείων torrent, ερευνητικά δεδομένα, κώδικα προγραμμάτων επιστημονικού περιεχομένου, καθώς και συμπιεσμένα αρχεία με πληθώρα δημοσιεύσεων σε τεχνικά περιοδικά.

Δημιουργήθηκε από τον Michele Langille και φιλοξενείται από το εργαστήριο του Jonathan Eisen, του Kέντρου Γενετικής του πανεπιστημίου της Καλιφόρνια (UC Davis).

Οι επιστημονικοί τομείς για τους οποίους υπάρχει αυτή τη στιγμή υλικό είναι : βιολογία (που έχει και τη μερίδα του λέοντος με διάφορες υποκατηγορίες), βιοπληροφορική, χημεία και φυσική.

Για να «ανεβάσει» κανείς δεδομένα, το μόνο που χρειάζεται είναι να δημιουργήσει έναν λογαριασμό, κάτι που δεν είναι απαραίτητο για το «κατέβασμα».

Όλο το υλικό που φιλοξενείται στον ιστότοπο είναι αποκλειστικά ανοικτού τύπου και διακινείται ελεύθερα.

Μελέτες περί Αιγυπτιολογίας από την Ε.Ε.Μ.Α.Α.

Φεβρουαρίου 1, 2012 Σχολιάστε

Η Ελληνική Εταιρεία Μελέτης Αρχαίας Αιγύπτου είναι μια αστική, μη κερδοσκοπική εταιρεία με βασικούς στόχους τη συστηματική γνωριμία του ευρέος κοινού με την αρχαία Αίγυπτο αλλά και την προώθηση της μελέτης των ποικίλλων πτυχών του αιγυπτιακού πολιτισμού στη χώρα μας. Ως σκοποί της Εταιρείας, με βάση το επίσημο καταστατικό, ορίζονται η δημιουργία Βιβλιοθήκης Αιγυπτιακών Σπουδών, η διοργάνωση διαλέξεων και εκπαιδευτικών προγραμμάτων για παιδιά και ενήλικες, η έκδοση σχετικών συγγραμμάτων και η συνεργασία με αντίστοιχους συνδέσμους, ομάδες και επιστημονικές εταιρείες του εξωτερικού. Διοργανώτρια των εκπαιδευτικών προγραμμάτων είναι η αρχαιολόγος, μουσειοπαιδαγωγός και συγγραφέας Σοφία Γιαλουράκη.

Η συνδρομή της Ε.Ε.Μ.Α.Α στους λάτρεις της Αιγυπτιολογίας, έγκειται και στις ψηφιακές βιβλιοθήκες της , όπου από την αντίστοιχη βιβλιογραφία που διατίθεται, μπορεί ο κάθε ενδιαφερόμενος να «κατεβάσει» δωρεάν σε μορφή PDF διάφορες μελέτες που έχουν γίνει πάνω στον τομέα της Αιγυπτιολογίας (κυρίως στα γερμανικά και αγγλικά),  και είναι προσβάσιμες από το ευρύ κοινό.